San Juan. Les 40 millisecondes qui ont été fatales au sous-marin San Juan

L'ONI précise également que les 44 marins qui se trouvaient à bord sont morts instantanément. Le San Juan avait disparu des radars le 15 novembre 2017 à 430 kilomètres de la côte argentine, suite à une entrée d'eau par le snorkel du sous-marin (système de ventilation des moteurs diesel). 

Une réaction en chaîne s'est ensuite produite, typique dans les accidents de sous-marin : l'entrée d'eau a provoqué un court-circuit au niveau des batteries, qui a déclenché un début d'incendie, rapidement maîtrisé : « L’entrée d’eau de mer par le système de ventilation vers le réservoir de batteries numéro 3 a provoqué un court-circuit et un début d’incendie », dit le dernier message envoyé par le San Juan. « Batteries de proue hors service ». Les pistes s'orientent vite vers une probable explosion à bord, causée par le début d'incendie. 

Deux stations hydro-acoustiques de l'Organisation du traité d'interdiction complète des essais nucléaires, sur l'île de l'Ascension et dans l'archipel Crozet, avaient détecté une « anomalie acoustique » le 15 novembre, à 13h 55 GMT, information qui n'avait été révélée que 8 jours plus tard, le 23 novembre. 

Selon le Bureau du renseignement naval américain, cette « anomalie acoustique » était en fait une explosion sous-marine, survenue à 380 mètres de profondeur, pour une puissance de 5,7 tonnes d'équivalent TNT. Il est désormais établi que cette anomalie correspondait à l'implosion du sous-marin argentin, qui a libéré une énergie équivalent à presque 6 tonnes de TNT.

Du fait de la pression à une telle profondeur (380 mètres), la coque du San Juan a été entièrement pulvérisée en « 40 millisecondes », et a ensuite sombré « verticalement » à la vitesse de 10 à 13 nœuds. 

L'organisme américain précise que les sous-mariniers n'ont pas eu le temps de se rendre compte de l'implosion : « Ils n’ont pas souffert, ils ne sont pas morts noyés. Leur mort a été instantanée ».

Cet accident aurait été provoqué par le mauvais état général du sous-marin, acheté en Allemagne en 1985, et dont les batteries avaient été mal remplacées par deux entreprises allemandes, également accusées de corruption avec des hauts-fonctionnaires argentins. La polémique a conduit à l'éviction, en décembre, du chef de la Marine argentine, Marcelo Srur. L'épave du San Juan n'a toujours pas été retrouvée.